El Departamento de Acreditación es la dependencia competente de la Gerencia Técnica del PANI para otorgar los permisos de funcionamiento a las organizaciones públicas y privadas y ejercer las funciones de supervisión, lo anterior de acuerdo a lo establecido en el Reglamento de Permisos de Funcionamiento y Supervisión de Programas Públicos y Privados Vinculados a la Atención de Personas Menores de Edad.  Acorde  a lo anterior y con base al Manual de Normas y Procedimientos  solo se ejecutan los  procesos de evaluación,   supervisión y capacitación, lo anterior se realiza con instrumentos y guías que ha diseñado y ha validado el Departamento de Acreditación, con la participación de representantes de las ONG.

El proceso de Acreditación se conceptualiza como el reconocimiento público que otorga el organismo acreditador gubernamental, en este caso el PANI como ente rector, en el sentido de los programas de atención de Personas Menores de Edad,  cumplen con determinados criterios e indicadores de calidad en su estructura, organización, funcionamiento, procesos de crecimiento, servicios y en los resultados obtenidos, con pertinencia social. Su fin primordial será reconocer la calidad de los programas y fomentar el esfuerzo permanente y constante por mantener los más altos estándares de calidad de  la atención que brindan. Lo anterior también obliga al Departamento, a certificarse bajo las normas ISO 9001:2008.

La acreditación del Departamento de Acreditación con la Norma ISO 9001-2008, permite a todos los funcionarios  del mismo, cumplir con sus funciones a partir instrumentos,  procedimientos, manuales y actividades homologados y articulados en forma sistemática, asimismo indicadores cuantitativos y cualitativas, que permitan el control de la supervisión, la asesoría y la capacitación para la mejora continua de la atención de calidad en los programas de atención a personas menores de edad.

El Departamento de Acreditación, tiene certificado su sistema de gestión bajo la norma internacional  ISO 9001:2008, desde el mes de febrero del año 2011.